Disponemos de una instancia legislativa que consta de: (1) Una Asamblea de Asociados, conformada por 6 miembros fundadores asociados quienes eligen al Director y definen la orientación de la institución y, (2) una Junta Consultiva, que es la instancia fiscalizadora y está conformada por otras 6 personas externas a la institución pero relacionadas con el campo de trabajo.

APCOB está encabezada por un Director, un área financiera, un área de investigación, comunicación y servicios, un programa de gestión territorial indígena y un programa de indígenas urbanos. Cada programa desarrolla e implementa proyectos orientados al cumplimiento de nuestros objetivos estratégicos, visión y en cumplimiento de nuestra misión.

El personal de APCOB está constituido por profesionales de diferentes áreas: Antropólogos, Sociólogos, Forestales, Economistas, Comunicadores Sociales, Administrativos y de Servicios. Asimismo, la institución acoge regularmente a investigadores, estudiantes y practicantes nacionales y extranjeros.